RExMap: o bază de date exactă pentru cartografierea microbilor la nivel de specie

Un nou studiu de cercetare a dezvoltat o bază de date exactă de cartografiere bazată pe referințe (RExMap) pentru a cartografia microbii la nivel de specie. Baza de date a fost derivată din peste 170.000 de genomi de tulpini izolate microbiene obținute din baza de date NCBI Genome. Abordarea cercetătorilor a permis dezvoltarea unui peisaj detaliat al microbiomului intestinal uman, reprezentând zeci de mii de microbi unici.
Studiul actual a utilizat RExMap pentru a reanaliza datele existente ale microbiomului intestinal uman 16S de la peste 29.000 de indivizi din zece studii efectuate în diferite regiuni ale lumii. Cercetătorii au observat că microbii intestinali umani diferă în funcție de regiunile lumii. În special, unii microbi intestinali se găsesc din abundență într-o anumită regiune.

În plus, un set de microbi de bază au fost descoperiți la niveluri de specii care sunt împărțite în mod obișnuit între oameni, independent de stilul de viață, mediu sau regiunile geografice. Diferențele observate pot avea un impact semnificativ asupra sănătății umane și pot oferi oportunități pentru dezvoltarea unor terapii personalizate pentru bolile legate de microbiomul intestinal.

Cu toate acestea, RExMap are câteva limitări, inclusiv capacitatea sa redusă de cartografiere a speciilor microbiene prezente în nișe cu puține tulpini, cum ar fi ecosistemele acvatice și de sol. În plus, există o limitare în cartografierea microbilor cărora le lipsește 16S complet sau secvența genomică.

sursa: News Medical
foto: SciePro / Shutterstock